A assessoria científica do Atlético é responsável por dar suporte a todas as áreas técnicas do futebol do clube. Este suporte é feito de várias maneiras, conforme a necessidade de cada departamento atleticano.

O primeiro trabalho é a supervisão dos treinamentos de todas as categorias. Os preparadores físicos e técnicos recebem os dados levantados nos testes físicos e fisiológicos dos atletas. Além disso, eles também recebem informações e apoio para aprimorar a parte biomecânica (3D – táticas de jogo no computador - vídeos, scouts - números de cada atleta nas partidas). Neste ponto, a assessoria científica é responsável por filmar e analisar as táticas de todas as partidas das quatro categorias em que o Atlético disputa campeonatos. Depois de feita a análise juntamente com a comissão técnica, é elaborado um planejamento para os treinamentos e um programa de controle das atividades de cada uma das categorias.

A assessoria científica também é responsável pela coordenação do apoio social e da educação complementar de cada atleta atleticano. Os profissionais do departamento acompanham a assistência social prestada às famílias dos jogadores e também o trabalho realizado dentro do Centro de Estudos do CT do Caju.

A assessoria científica também fornece subsídios para o trabalho da área da saúde do Atlético. Todos os planejamentos (nutricionais, massoterapêuticos, fisioterápicos, médicos, odontológicos) são analisados pelo departamento. Desta forma, todos os problemas que cada atleta enfrenta são conhecidos, analisados e solucionados, antes de colocar o jogador novamente para treinar.

Também é responsabilidade da assessoria científica a definição do currículo de desenvolvimento de todos os atletas do Atlético. Esse currículo é baseado em dados de anatomia, fisiologia e habilidade motora. Todos os treinamentos definidos pelo departamento respeitam os estágios de crescimento e desenvolvimento de cada adolescente. Os atletas que chegam como reforços para a equipe profissional também passam por testes coordenados pela assessoria científica. O estado físico deste atleta é muito bem analisado. Caso haja algo que não esteja de acordo com o nível dos atletas atleticanos, o jogador não é contratado. Este acompanhamento de currículos e avaliações de rotina é um importante elemento de apoio desde as escolinhas atleticanas até o time profissional.

A assessoria científica também é responsável por coordenar os trabalhos dos intercâmbios internacionais. Todos os profissionais estrangeiros que passam pelo Atlético chegam ao CT do Caju para aprender um pouco da qualidade do Rubro-Negro.

A assessoria científica é responsável por filmar e analisar as táticas de todas as partidas das quatro categorias em que o Atlético disputa campeonatos.